Институт аэронавигации находится в ведении единственного учредителя ФГУП «Госкорпорация по ОрВД».
Целью деятельности Института аэронавигации является дополнительное профессиональное образование, поддержание и повышение уровня профессиональных знаний руководителей и персонала учредителя, совершенствование их деловых качеств, подготовка к выполнению новых трудовых функций.